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子公司
母公司与子公司之间一般表现的是股份的控制与被控制关系，也许是全资控制，也许是最大股东的控制。子公司在经济和决策上受母公司的支配与控制，但在法律上，子公司是独立的法人。
子公司拥有独立的名称和公司章程；具有独立的组织机构；拥有独立的财产。
子公司实施独立核算、自信盈亏。
分公司
总公司与分公司之间一般表现为是总机构与分机构的关系，具有附属的特征。分公司在实质上就是总公司的一个安顿在异地的派出机构。
分公司一般都不是完整独立核算单位，盈亏只是一种业绩考察。
子公司可以成立分公司，但分公司不可能拥有子公司。
三、在税务处置上的差别
子公司的处置
子公司作为独立法人，实施独立核算并独立申报纳税，是完整独立的纳税人，承担全面的纳税责任。
分公司的处置
分公司作为分支机构的一种，实用总分机构的相关政策。
总机构和分支机构应依法办理税务登记，接收所在地主管税务机关的监视和管理。
1、企业所得税方面
（1）依据《国家税务总局关于印发〈跨地域经营汇总纳税企业所得税征收管理方法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）（以下简称“税总2012年57号公告”）规定，居民企业在中国境内跨地域（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资历分支机构的，该居民企业为跨地域经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业）。
汇总纳税企业实施“统一盘算、分级管理、就地预缴、汇总清理、财政调库”的企业所得税征收管理方法。
汇总纳税企业依照《企业所得税法》规定汇总盘算的企业所得税，包含预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构依据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。
（2）对于以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供“税总2012年57号公告”第二十三条规定的相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人盘算并就地缴纳企业所得税。
（3）依据《浙江省国家税务局浙江省地方税务局关于省内跨市、县经营汇总纳税企业所得税征管问题的公告》（浙江省国家税务局浙江省地方税务局公告2013年第3号）规定，浙江省内汇总纳税企业所得税盘算、预缴、汇算清缴管理参照“税总2012年57号公告”执行。
因此，对于分公司的企业所得税管理：符合规定条件的汇总纳税的分公司，实施“就地预缴、汇总清理”；无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，又无法证明分支机构的，依照独立纳税人就地缴纳企业所得税；分公司实施独立核算、不汇总纳税的，依照独立纳税人就地缴纳企业所得税。
对于列名企业的下属二级分支机构均应依照企业所得税的有关规定向当地主管税务机关报送企业所得税预缴申报表或其他相关材料，但其税款由总机构统一汇总盘算后向总机构所在地主管税务机关缴纳。如：《国家税务总局关于中国工商银行股份有限公司等企业企业所得税有关征管问题的通知》（国税函[2010]184号）的列名企业。
2、增值税方面
1、分公司（属于分支机构的组成部分，为便于与文件对接，以下统称分支机构）销售货物、提供加工修理修配劳务的增值税的纳税地点
依据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应该向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。
总机构和分支机构不在同一县（市）的，应该差异向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，分支机构的增值税一般情形下就地申报纳税。
但是，该条同时规定，经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）对上述规定提高明白：固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）规模内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批赞成，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
省（区、市）财政厅（局）、国家税务局应将审批赞成的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
在实际工作中，增值税由总机构统一汇总核算、统一申报缴纳的主要是连锁经营企业。如：《浙江省国家税务局关于连锁经营企业增值税汇总纳税有关问题的通知》（浙国税流[2005]76号）第三条规定，“经同意汇总缴纳增值税的连锁经营企业总店应按统一核算的当月应缴增值税总额向所在地主管国税机关申报纳税，即总店应纳增值税=所有总、门店销项税额-所有总、门店进项税额；门店应纳增值税为零。
”因此，增值税汇总缴纳需要总机构统一核算，分支机构独立核算的不能汇总缴纳。
（2）统一核算的总分机构之间的货物移送作视同销售的特别规定
先将相关规定归集：
①《增值税暂行条例实行细则》第4条视同销售货物行为的第（3）项：设有两个以上机构并实施统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县（市）的除外。
②《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）规定，《实行细则》第4条视同销售货物行为的第（3）项所称的用于销售，是指受货机构产生以下情况之一的经营行为：向购货方开具发票；向购货方收取货款。
受货机构的货物移送行为有上述两项情况之一的，应该向所在地税务机关缴纳增值税；未产生上述两项情况的，则应由总机构统一缴纳增值税。如果受货机构只就部分货物向购置方开具发票或收取货款，则应该差别不同情形盘算并差异向总机构所在地或分支机构所在地缴纳税款。
③《国家税务总局关于纳税人以资金结算网络方法收取货款增值税纳税地点问题的通知》（国税函[2002]802号）规定，纳税人以总机构的名义在各地开立账户，通过资金结算网络在各地向购货方收取销货款，由总机构直接向购货方开具发票的行为，不具备《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）规定的受货机构向购货方开具发票、向购货方收取货款两种情况之一，其取得的应税收入应该在总机构所在地缴纳增值税。
一开始看实施统一核算纳税人的机构之间货物移送视同销售处置上述三个文件很难懂得，感到好饶口舌，慢慢推敲后悟出了道道：
实施统一核算纳税人的总分机构之间，总机构将货物移送到分支机构，如果分支机构将移送到的货物对外销售时应用分支机构当地的发票向购货方开具发票或者向购货方收取货款，只要满足这两个条件之一的，这部分货物销售的增值税需要在分支机构所在地缴纳税款。
总机构在货物移送时就需要视同销售，开具专用发票给分支机构抵扣。但如果总机构统一收款、统一开票，这部分货物销售应该在总机构所在地缴纳增值税。
（3）营改增（即应税服务）纳税人总机构汇总缴纳增值税规定
依据《财政部国家税务总局关于重新印发〈总分机构试点纳税人增值税盘算缴纳暂行方法〉的通知》（财税[2013]74号）规定，经财政部和国家税务总局同意的总机构试点纳税人及其分支机构，可以按该方法汇总盘算申报缴纳增值税。
营改增纳税人总、分支机构汇总申报缴纳增值税时，仅对应税服务项目进行汇总，总、分支机构销售货物、提供加工修理修配劳务，依照增值税暂行条例及相关规定就地申报缴纳增值税。
总机构将总分机构应税服务业务的应交增值税进行汇总，抵减各分支机构对应应税服务业务已缴纳的增值税税款后，在总机构所在地申报缴纳增值税。
各分支机构产生应税服务业务，依照应征增值税销售额和预征率盘算缴纳增值税。盘算公式如下：
应预缴的增值税=应征增值税销售额×预征率
预征率由财政部和国家税务总局规定，并适时予以调整。
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